17.-18. Jahrhundert
In der darauf folgenden Muromachi Periode jedoch verlor der Tôdai-ji schnell die Größe seiner früheren Zeit. Angetrieben wurde dieser Verfall durch die Armeen der Miyoshi und Matsunaga, die den Tempel in Brand steckten. Die Halle des Großen Buddha, die Ordinationshalle und noch weitere Gebäude brannten völlig ab. Der Große Buddha wurde notdürftig repariert, saß jedoch annähernd hundert Jahre im Freien.
Es war der Mönch Kôkei, der sich, nachdem er diese bemitleidenswerte Situation gesehen hatte, entschied, die Halle des Großen Buddhas wieder aufzubauen. Ab 1686 arbeitete man an einem neuen Guß des Kopfes und der achtzehn Lotusblätter des Sitzes, 1692 konnte man das Bild wieder einweihen. Gleichzeitig schritt die Arbeit an der Halle voran, jedoch ließ die damalige wirtschaftliche Situation einen Wiederaufbau in einstiger Größe nicht zu und so hat die derzeitige Halle nur 60% der Breite der ursprünglichen Struktur. Sie wurde 1709 mit einer pompösen Zeremonie eingeweiht, die sie umgebene Mauern mit dem mittleren Tor wurden erst dreißig Jahre später fertiggestellt.