Caminando hacia el Norte desde el frontal del Kanjin-sho y dejando un estanque a mano izquierda, se llega al Shōsō-in, que sirve como almacén del templo. En las salas del norte y del centro se guardan las preciadas posesiones del emperador Shōmu, mientras que en la del sur se almacenan todo tipo de utensilios empleados en las ceremonias anuales del Tōdai-ji. El conjunto recibe el nombre de “los tres almacenes”, pero ya no es parte del complejo del templo, sino que se encuentra bajo la jurisdicción de la Agencia de la Casa Imperial.