17-18ème siècle
Cependant, à l’époque de Muromachi, le Tôdai-ji perdit rapidement de sa splendeur. En 1567, un incendie provoqué par les clans Miyoshi et Matsunaga précipita son déclin: le Daibutsu-den, le Kaidan-in et bien d’autres bâtiments furent dévorés par les flammes. La statue du Grand Bouddha, insuffisamment restaurée, resta pendant près de cent ans exposée aux intempéries.
C’est le moine Kôkei qui décida de procéder à sa réfection. A partir de 1686, la refonte de la tête et de dix-huit des pétales de lotus du piédestal fut entreprise, et le Grand Bouddha put être consacré de nouveau en 1692. Simultanément, le Daibutsu-den fut réédifié, mais à une échelle plus réduite que le bâtiment des époques Nara et Kamakura, du fait de contraintes économiques. Le pavillon actuel, inauguré en grande pompe en 1709, est 40% moins large que celui d’origine.