その痛ましい姿を見て大仏殿再建の志を抱いたのが公慶上人で、貞享元年（1684）、江戸幕府に大仏殿修造を願って許され、同3年から大仏鋳造に着手、仏頭と蓮弁18枚を補鋳、元禄5年（1692）に開眼供養が行なわれた。また同時に大仏殿の再建も進められたが、天平・鎌倉期の規模を踏襲することは当時の経済事情が許さず、現在見られるような東西を約6割に縮小した形で再建され、宝永6年（1709）に落慶供養が盛大に行なわれた。しかし中門や廻廊が完工するにはさらに30年を要した。