この世界最大級の木造建造物はその後焼けることなく明治時代を迎えたが、傷みが激しく、軒は副柱でかろうじて支えられるという状態で、明治39年（1906）から解体修理に着手、内部に鉄骨を用いて補強するなど新しい工法を併用して明治45年（1912）に完成した。