現在、指図堂の建つ地は、平安時代に創建された中門堂の跡地で、永禄10年（1567）の三好・松永の乱でこの堂舎が大仏殿とともに焼失すると、しばらくは空地となっていた。それから100年余りを経た江戸時代初期、大仏殿三度目の復興の気運が盛り上がり、この辺り一帯は復興事務所ともいうべき勧進所の建物群が立ち並んだ。その折、この中門堂跡地には大きな板絵に描かれた「指図」すなわち大仏殿の計画図面を展示するお堂が建てられた。指図堂という名称はこのことに由来するという。寛政3年（1791）、このお堂は大風のために倒壊したが、浄土宗関係者からお堂を再建したいとの願い出が東大寺に出され、浄土宗徒の喜捨を受けて、嘉永5年（1852）頃完成した。それが現在の指図堂である。