大仏殿と勧進所との間に位置する現在の指図堂の地には、もともと中門堂というお堂がありました。永禄の兵火でこのお堂が焼失した後、しばらくは空地となっていましたが、江戸時代の大仏殿再建事業が興ると、勧進所と共にこの一帯にはそれに関係する建物が立ち並びました。中門堂跡地には、大きな板絵に描かれた大仏殿の「指図」すなわち計画図面を掲げるお堂が建てられ、そもそも指図堂の名称はこのことに由来します。このお堂は寛政3年（1791）に大風により倒壊してしまいましたが、天保6年（1835）に当地浄土宗西方寺の隠居僧慈蓮より、法然上人二十五霊場の一つとして同堂を再建し、勧進所阿弥陀堂の上人御影像をお遷しして本尊としたい旨の願いが東大寺に出されました。これにより浄土宗徒の方々の助縁もあって、嘉永5年（1852）頃に再建されたのが現在のお堂です。当時の『指図堂再建勧進牒』によれば、元は大仏殿指図（設計図）を安置したお堂であるけれども、往生極楽への要路を指し示された法然上人をご本尊に迎えることで、名実ともに人々を安養浄土へ導く霊場としたいとの思いがありました。こうして指図堂は、法然上人二十五霊場の一つとして生まれ変わったのでした。