12-14世紀
到了平安時代，雖然較早就發現了大佛背部有損傷，並為了阻止大佛的傾斜而進行在其背後堆土等修補工作；但是齊衡二年（855），大佛的頭部還是因大地震而掉落，而後進行了修復。另一方面，包括大佛殿在內的諸伽藍也有不少因天災或失火等原因而被迫重修。
為了獲得維持這些修復事業、以寺院原來的教學活動的經濟來源，當時寺院還經營了莊園；可是到了平安末期，東大寺卻為了這莊園而同平家一門發生糾紛，並因此在治承四年（1180）被平重衡的軍隊一把火燒掉了大半伽藍。
為東大寺的復興營造做出巨大貢獻的是重源上人。重源上人自從養和元年（1181）以六十一歲高齡擔任勸進職位以後，受到了後白河法皇和源賴朝的支助，將其二十餘年的後半生全部奉獻給了復興事業。
首先得到的是宋朝的鑄造師陳和卿的幫助，補鑄了大佛的頭部和左手等，文治元年（1185）舉行了開眼供養儀式。接著，雖然人們還得為確保重建大佛殿所需材料而擔憂，建造事業卻從周防國和備前國任職於東大寺造營所開始突飛猛進，建久六年（1195）舉行了落成慶祝供養會。緊接著於翌年，大佛殿兩側的侍和四天王像建成，前後據說僅花費了半年時間。之後，境內的諸伽藍一個接一個地重建，迎來了鎌倉時代的繁盛期。
